突如其來的世紀大瘟疫，改變當代人的生活，以防疫之名，挑戰基本人權價值的作為也不斷創新，從強制人人戴口罩、健保卡註記旅遊足跡、以辦重大刑案手法查疫調，到最近到處可見的實聯制、實名制，都讓人權團體質疑過度侵害民眾隱私，不少學者更都提出違憲的疑慮。
前幾年，多名通緝犯為了聽歌神張學友在大陸的演唱會，接連被捕，讓各界見識到對岸天網監控系統的「威力」；台灣在去年底的跨年活動中，從五月天的演場會到台北市政府舉辦的跨年表演，都逮到多名該在家中自主隔離的民眾，出現在演唱會中、或活動周圍，用的也是讓政府認為對防疫有功的「電子圍籬2.0」的天網系統。
立委高虹安指出，全球在肺炎疫情延燒下，隔離、入境管制、封城、蒐集足跡等其實已經侵犯隱私權，但也因為政府這些限制，讓疫情在全球大爆發時，台灣管控仍有良好表現。
但政府仍須注意在「緊急狀態」、「非緊急狀態」要有不同規範及流程，同時說明清楚在「緊急狀態」下，如何保護資料跟利用資料的界線。
國際特赦組織4月發布最新的全球人權報告，針對台灣部分的內容就指出，自去年1月起，台灣政府推出系列防疫措施，其中有些威脅到人民的隱私權；政府為了追蹤與追溯人民的移動紀錄，建立大規模監控的數位系統，並連結政府的資料庫加以整合，但政府對於會如何利用此平台並未透露太多，也未說明何時會停止蒐集人民的資料。
東吳大學法律系教授李念祖指出，台灣防疫上表現好，因人民願意配合，卻凸顯政府的濫權可能。台中地院法官張淵森最近就成「吹哨者」，揭露刑事局利用簡訊實聯制辦案，當初說簡訊僅作為疫調使用，卻被作為犯罪偵查，恐違反《個人資料保護法》。
當政府以疫情越過法令，讓用戶同意「犧牲」部分人權的同時，政府收集民眾自動奉上的簡訊與個資，甚至還由民眾的納稅錢埋單，更是諷刺。
對於政府總拿出「嚴重特殊傳染性肺炎防治及紓困振興特別條例」第七條規定「中央流行疫情指揮中心指揮官為防治控制疫情需要，得實施必要之應變處置或措施」辯稱於法有據。多位學者批評，此一立法給政府過大空白授權。
李念祖更直言，這種立法模式如同戒嚴時期，但台灣至今連宣布進入緊急狀態都沒有。李念祖表示，台灣民眾從戒嚴時期學到的基本教訓之一，就是法令對於人民權利的特殊限制、管制，應訂有終止期限、定及檢討等機制，但這次為防疫的立法不僅過度授權，對政府的管制手段，更是綠燈一路開到底。
台灣人權促進會也指出，政府不應利用防範流行病而美化電子監控，更不能讓電子監控成為人們未來的日常。
台權會去年就加入100多國人權組織的聯合聲明，強調在疫情期間收集民眾資料，須合法、合比例原則，要設立退場時限，資料必須僅限防疫使用，還需要安全與隱密，更要避免監控科技對脆弱族群的「差別對待」。
台權會指出，民眾擔心簡訊實聯制有侵害個人隱私疑慮時，指揮中心卻警告民眾傳播這種說法是「假訊息」、要重罰。但政府本應負起對民眾說明如何兼顧防範疫情惡化與保護人民個資，對收集資料的用途提出說明，而非恐嚇民眾。
未來政府要發展數位發展法制，也應建立獨立個資保護專責機構。
但時至今日，政府並未做好這些項目，例如人民有預先知道健保卡被標註的權利，標註會造成民眾就醫等權益被排擠，但萬華疫情爆發時，政府卻自動註記了萬華區居民，造成民眾被診所拒收的案例，「標籤化」形成差異對待，更造成人權侵害。
當政府有能力掌握人民動向，不僅是個人隱私問題，還包括民眾願不願意、可不可以拒絕的自主性問題。
從逕行對萬華高危險族群的健保卡註記，到疫情升三級警戒後推出的實聯制App，要求民眾進出任何商家、機關都要留下紀錄，政府官員宣稱德國也有類似作法，但台大法律系教授林鈺雄等多位知名留德學者則質疑，德國有專責機構，政府也無法直接從電信商取得資料，民眾更能隨時查閱自己的資料是否已經屆期銷毀，台灣現行作法距離法治國還很遠。
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